xhtml에서 <ul>과 <li>사이에 다른 코드가 들어가지 못하게 되어있는데 div가 낑겨들어가면서 표준에 맞지 않게됩니다.
이렇게되면 디자인이 깨질수밖에 없고요, IE6에서 처리가 달라지는 문제도 생깁니다.
이거 고치려면 낑겨들어가는 소스딴에서 고쳐지는게아니라 스킨의 스타일을 수정해서 고쳐야해요. 어차피 문제해결을 위해 스킨파일 건드려야하는데 이렇게 강제로 들어가서 얻게되는 tc의 장점이 뭐가 있는지 잘 모르겠습니다.

전 IE8의 슬라이스툴 표시자체가 문제가 있다고 생각하고 그걸 없애는게 맞다고 생각합니다. 어차피 사용자 자체가 많지 않다고 보고요.
당연히 이걸 유용하게 생각하고 쓰고 싶은분들도 있을거고 그 생각을 부정하고 싶지 않습니다.

다만, 어떻게 적용하던 TC 유저 맘이 되어야지 툴 자체 에서 강제로 적용되는 방식은 지양해야한다고 봅니다 .
구버전의 스킨들도 지원하게 하기위해 dom으로 강제로 밖아넣는거 같은데, 그렇게 사용자가 의도한대로 skin.html을 구성하는 자유도가 사라지는건 문제가 있다고 봅니다.
ON / OFF 옵션말고 치환자를 만들어 skin.html에서 기입되게 해야하는것 아닐까요? 필요없는 사람은 지울거고 수정이 필요한 사람은 다른 방식으로 적용해 쓰겠지요. 
hfeed가 강제로 생성되는것도 그렇고.. 텍스트큐브가 서비스형 툴도 아닌데, 주어지는대로의 모습으로만 써야하는 방식으로 바뀌어가는건 많이 아습니다.