일단... "Java"와 "Javascript"는 전혀 다른 언어...입니다; 헷갈리기 쉽게 이름이 지어지긴 했는데 아무튼 완전히 다른 언어구요.

jQuery를 요새 제 주변에서도 많이 쓰는 것 같은데, Prototype이나 mootools가 Javascript의 prototype-based OO의 특징을 잘 살려서 만들어졌지만 Prototype은 너무 무겁고 성능이 떨어진다는 문제가 있었고, mootools는 버전업하면서 하위호환성 깨먹는 바람에 많은 사람들이 등을 돌렸죠. Dojo나 YUI처럼 제 갈길 가고 있는 것들도 있습니다. 아무튼 그러더니 어느 순간 jQuery가 대세가 되어버리더군요;;

jQuery가 좋은 점(이자 동시에 javascript 언어를 100% 활용한다고 말하기 힘들어지는 부분)은 기존에 정의된 object들을 전혀 건드리지 않는다는 점, 다른 프레임웍과 충돌 없이 동시에 사용할 수 있다는 점(그래서 점진적으로 이전하기가 용이합니다), plugin으로 기능 추가하는 관습이 커뮤니티에 잘 정착되어 있다는 점을 들 수 있겠네요. 문법적으로는 method chaining이 주요 특징이지만 순수하게 그것 때문에 인기를 끈 것 같지는 않고, 위와 같은 요소들이 복합적으로 작용한 게 아닌가 싶습니다.