현재는 윈도우 환경에 대한 테스트가 충분히 이루어지지 않아서 생기는 문제도 상당히 많죠. 저 분도 그러한 경우인거 같네요.
그리고 당장은 힘들겠지만 1.1부터는 register_globals 옵션에 대한 것도 당연히 지켜져야 할거라 생각합니다.(뭐 <?php 가 표준인건 아니지만 권고사항인건 분명하니까요.)
레퍼런스 문제야 현재 개발버전에서는 수정이 된거고..
MySQL strict문제는.. 어떻게 됐더라;
FF에서 커서문제는 오해하신게 아닐까 싶은데.. 처음에는 커서가 안나와도 쓰는데는 문제가 없죠.(버그라고 할만은 하긴하지만..)
두개가 생기는거하고 배경색이 저렇게 되는건 미처 몰랐네요.;

흠.. <?php 부분은 우리가 따라 주는 게 좋습니다. 대신 코드에서 <?=$xxx?>와 같은 축약형 대신 <?php echo $xxx; ?>와 같이 써야 한다는 불편이 있지요.
그리고 mysql 부분도 표준대로 잘 따르면 좋겠습니다.

지금 당장은 못하지만 나중에 db backend 분리가 잘 되면, mysql ~3.x/4.0.x/4.1.x~ 정도로 버전을 나누어서 만드는 게 안정성 측면에서 도움이 될 것 같네요.