우선 이것 때문에 데이터가 날라가지는 않으니 너무 걱정하진 마시구요, 단지 보이지 않는 것 뿐입니다.;
.htaccess U 플래그가 들어가는 건 IIS 모드로 설치되었을 때뿐입니다. 정상적으로 Apahce + mod_rewrite가 활성화된 환경에서라면 해당 플래그가 나올 이유가 없습니다. 우선 .htaccess 파일을 지우고 다시 시도해보심은 어떨까 합니다.

올려주신 글만 봐서는 지우고 1.7.8을 올렸다는 게 그냥 설치된 디렉토리를 지우셨다는 것인지 백업을 하고 지우셨다는 것인지 config.php 같은 파일을 남기고 지우셨다는 것인지 정확히 알 수는 없습니다만 업그레이드할 때 DB 정보 입력 후 기존에 이미 설치된 것이 있다면 이를 인식해서 기존 블로그가 있다고 알려줍니다. 물론 항상 백업을 먼저 하고 업그레이드하시길 권장드립니다. (참고로 백업을 안 하고 디렉토리를 그냥 싹 지우셨다면 글·댓글·트랙백 등은 남아있으나 추가 설치한 스킨·플러그인 및 첨부파일은 날아갔을 수도 있습니다)