여러가지 이유가 있을 수 있는데.
일반적으로 다른 게시물이나 페이지에서는 문제가 없는데 특정 게시물이나 페이지에서만 그렇다면,
해당 게시물에 작성된 코드를 의심해볼 수 있습니다.
xhtml의 div로 구성된 페이지의 경우 일반적인 table의 코드 형태와는 달리 div 열고 닫기가 제대로 되지 않을 경우 레이아웃이 틀어지거나 아래로 내려간다던가 출력되지 않는다던가 하는 문제가 발생합니다.

ie6에서는 문제가 없다고 하시니, 웹슬라이스 기능이 아닌가 싶습니다.
ie7 이상에서 웹슬라이스 기능을 텍스트큐브에서 지원하고 있습니다.
환경설정에서 카테고리 등에 해당 기능을 지워주시면 공백이 생기는 문제는 해결될 듯 싶습니다.

파일이 없다는건 FTP에 누군가 접근을 했다거나,
호스팅업체에서 접근한게 아닌가 싶습니다.
호스팅 여유공간이 없어서 파일이 누락되는건 아닌지도 확인해보시구요.
호스팅 업체에 연락하셔서 FTP 접속로그를 확인해달라던지 요청을 해보세요.

체크업 단축키가 아니라..
사용중인 브라우져의 페이지 재갱신 단축키입니다.;;
저게 먹히면 사용자의 환경문제라는 거구요..

음.. 브라우져 캐쉬 문제일 수도 있습니다.
글 쓰기 후 Ctrl+F5 가 되어 변경된다면 사용자 환경의 문제입니다.

사용중인 스킨의 index.xml을 열어보시면 , content width 값이 있습니다.
늘려주세요ㅇ

텍스트큐브 편집기는 필수적으로 사용되는 플러그인 중 하나라 보셔야겠구요..
혹시 기본스킨에서(collant스킨)으로 변경 후 해당 플러그인을 활성화 해보셨는지요?

아래의 두가지 확인해보세요.
1. 기본스킨으로 변경 후 확인, 역시 동일 증상일 경우,
2. 사용중인 플러그인 모두 비활성화 후 확인

1번에서 해결되면 사용중인 스킨의 잘못된 구문작성이나 최신버전에 대한 호환성 문제입니다.
2번에서 해결되면 플러그인 중에 최신버전과 호환성이 맞지 않는 플러그인이 있는 경우입니다.

도메인이나 루트를 변경하였을 경우 위에서 언급한 재설정의 과정을 진행해 주시는게 가장 빠르고 정확한 방법입니다.

호스팅에서 php 업로드 용량제한이 없다고 하셨다면,
계정공간의 잔량을 확인해보시기 바랍니다.
그 외엔 아직 별다르게 이 문제에 대해서 해당 버전에 보고된 사항은 없습니다.

가장 쉽고 정확한 방법은,
config.php를 백업/삭제 후 setup.php를 진행해서 두번째, 텍스트큐브 재설정을 한번 해주시면 알아서 설정이 됩니다.

crossdomain.xml 의 구조부터 파악을 하셔야겠구요..
분명히 기본적인 리더에서 읽혀지는 RSS구조는 아닐 것 같습니다.
별도의 플러그인으로 제작해야하는 상황에 달할 수도 있습니다.