여러가지 이유가 있을 수 있는데.
일반적으로 다른 게시물이나 페이지에서는 문제가 없는데 특정 게시물이나 페이지에서만 그렇다면,
해당 게시물에 작성된 코드를 의심해볼 수 있습니다.
xhtml의 div로 구성된 페이지의 경우 일반적인 table의 코드 형태와는 달리 div 열고 닫기가 제대로 되지 않을 경우 레이아웃이 틀어지거나 아래로 내려간다던가 출력되지 않는다던가 하는 문제가 발생합니다.
ie6에서는 문제가 없다고 하시니, 웹슬라이스 기능이 아닌가 싶습니다.
ie7 이상에서 웹슬라이스 기능을 텍스트큐브에서 지원하고 있습니다.
환경설정에서 카테고리 등에 해당 기능을 지워주시면 공백이 생기는 문제는 해결될 듯 싶습니다.