rewrite 모듈이 정상적으로 세팅된 경우에도 이 현상이 발생하는 경우 DirectoryIndex 설정 때문일 수 있습니다.
제가 사용하는 환경에서는 Apache vhost rewrite rule -> .htaccess rewrite rule 이렇게 2단계를 거쳤는데 DirectoryIndex에 index.php가 포함되어 있으면 두번째 .htaccess rewrite rule이 적용되기 전에 index.php를 먼저 실행해버립니다. 특히 vhost rewrite rule은 웹호스팅 사용자 입장에서는 설정 내용을 확인하거나 수정하기 어렵기 때문에 더욱 찾기 힘들죠.
텍큐 입장에서는 이런 상황을 구분할 방법이 없고, rewrite.php가 아닌 index.php로 실행되었기 때문에 rewrite를 지원하지 않는 환경이라고 해석하여 URL에 물음표를 붙입니다. 해결 방법은 세준님이 말씀하신 것처럼 config.php에 강제 설정하거나 DirectoryIndex none으로 Apache가 항상 rewrite rule만 사용하도록 만들면 됩니다.

감사합니다. 덕분에 저도 해결됐습니다.

아파치의 rewrite 모듈을 못 사용할 경우에 기술적인 문제로 그렇게 물음표가 붙었던 것으로 알고 있는데 저의 경우 오늘 1.9.3 버전을 새로 설치해보니 버그인지 분명 rewrite 모듈을 사용할 수 있음에도 불구하고(설치 때도 문제 없이 통과) 그 증상이 발생하더군요.

덕분에 저도 해결 했습니다. 감사합니다.

해결됐습니다~
fancyURL의 용도는 정확하게 모르겠지만
해당 /?/는

위의 메소드에서 처리하는 것으로 보여
config.php에 $service['fancyURL'] = 2;
를 추가해서 해결했습니다.
좋은 프로그램 감사합니다~ ^^