일단 이렇게 처리하였습니다.

library/piece/blog/list.php에 다음과 같은 것이 있습니다.

"$blogURL/" . ($blog['useSloganOnPost'] ? 'entry/' . URL::encode($item['slogan'],$service['useEncodedURL']) : $item['id'])).(isset($list['category']) ? '?category='.$list['category'] : ''),

여기서 이부분을 수정합니다.

"$blogURL/" . ($blog['useSloganOnPost'] ? 'entry/' . URL::encode($item['slogan'],$service['useEncodedURL']) : $item['id'])).(isset($list['category']) ? '' : ''),

즉, 카테고리가 있다면 ?category=를 붙이던 것을 둘 다 공백을 내놓도록 하였습니다.
혹시 해당 코드를 제거하면 다른 곳에서 문제가 발생하지 않을까 하여 저렇게 하였습니다.
어차피 카테고리를 클릭하여 들어가도 이전이나 다음 글을 클릭해도 그것이 없는 것과 동일한 행동을 하기에 차라리 주소에서 없애는 것이 좋다고 생각하여 이렇게 하였습니다.

테스트 없이 진행된 것이기에 문제 발생을 대비하여 백업하기를 권장합니다.

저도 해당 기능을 없애고자 소스를 찾아볼까 하다가 먼저 검색해보니 저와 같은 생각을 가진 분이 계시네요.
해당 기능을 옵션으로 만들어주시길 바랍니다.
같은 글임에도 URL이 여러개라는 것은 그리 유쾌하지 못한 듯싶습니다.
특히 검색결과에서 주소 뒤에 ?category=가 붙어 있으니 더욱 그러합니다.

아, 그런 이유로 주소가 그리 표현되었군요.
별 다른 이유는 아니고 주소형식이 여러가지로 표현되는 것이 싫어서 문의했습니다.
같은 글임에도 불구하고 주소가 여러개 있다는 것이 도움이 되는지 잘 모르겠습니다.
외부에서 링크를 걸었을 경우 여러 주소로 거는 것은 혼란스럽기만 할 듯싶어서요.
혹, 옵션을 제공해주실 수 있으면 그리 해주셨으면 좋겠는데..

제가 보기엔 이것을 오히려 옵션으로 주는 것이 좋을 듯싶습니다.

1186번 티켓으로 등록하고 수정하였습니다. 혹시 제대로 동작하는지 확인 부탁 드립니다.^^

그런데 이 기능은 동작을 하는건지요? 너바나나님, 제 블로그에서는 동작을 안하네요;; daybreaker님 블로그에서는 되고요. 버그가 있는것 같습니다; 문자 주소가 아닌 숫자 주소를 사용하면 작동을 안하는것 같고요...

그렇게 URL에 인자값이 붙는 이유는 카테고리 리스트에서 글을 클릭했을 때 그 글을 보는 화면에서 이전 글/다음 글로 이동하면 그 카테고리 내의 글만 나오도록 하는 장치라고 보시면 됩니다.

이 부분까지는 굳이 옵션을 제공하지 않는데, 어떤 이유 혹은 문제점 때문에 없애길 원하시는지 궁금합니다.
(사실 이런 세세한 것까지 옵션을 제공할 수도 있지만, 너무 많은 옵션은 오히려 텍스트큐브를 더욱 어려운 프로그램으로 만들어버리죠.)