우선, 파일질라에서 물음표가 뜨는건 제대로 업로드가 되지 않았다는게 아니라,
해당 폴더의 정보를 다 가져오지 않아서 생기는 걸로 알고 있습니다.
(아마도 파일질라에서 트리를 표시하는데 트리 정보만 출력하는 정도로 하는 듯합니다/)

두번째로, 파일질라에서는 기본셋팅이 모든 파일이 업로드 되면 자동으로 서버 연결을 끊습니다.
때문에 모든 파일이 업로드 되면 "서버와 연결이 되지않습니다 " 라는 문구가 뜹니다.

셋째, 텍큐 파일을 업로드시 TC 폴더 통째로 올리실 경우는 설치 주소가 도메인주소/tc/setup.php 가 됩니다.
최상위 폴더에 TC 폴더의 하위 폴더 및 파일 전체를 올리실 경우는 도메인주소/setup.php가 됩니다.

넷째, www 폴더를 삭제하셨다고 하셨는데 문제가 될 수 있습니다.
아파치 서버에서는 유저 추가시 유저의 폴더를 만들어주고, 그 아래 아파치 서버에서 루트로 잡을 폴더 (kin님의 경우는 www 폴더가 되겠죠)를 생성시키는데, 아파치 서버에서 루트로 잡은 폴더를 삭제하셨다면, 정상적으로 웹서비스를 받으실 수 없을 수도 있습니다. 이 부분에 대해서는 호스팅 업체에 문의 해보심이 좋을 듯 합니다.

www 폴더는 삭제가 않되실텐데 www 최상의 폴더라서
www 폴더접속후 tc 폴더에 setup.php 실행하셔서 설치하시면됩니다.
1. ftp로 tc 파일 www 폴더에 업로드 한다.
2.폴더 퍼미션 조정을 한다.
3. 호스팅업체의 도메인 주소로 xxx.xxxx.xxx/tc/setup.php 주소창에 입력한다.
4. 사용자에 맞게 셋팅을 한다.
5. 이제 알맞게 사용하시면됩니다.
설명서는 http://help.tattertools.com/ko/Getting_Started 이거보시고 참고하신거 맞으시죠.