결국은 rewrite.php 를 수정해서 해결하였습니다.

rewrite.php:
// Workaround for compartibility with fastCGI / Other environment
$accessInfo['input'] = ltrim(substr($accessInfo['fullpath'],
    strlen($accessInfo['root']) + (defined('__TEXTCUBE_NO_FANCY_URL__') ? 1 : 0)),'/');

아래 부분에

if (is_numeric($accessInfo['input'])) {
    $default_blogid = ''; // 기본으로 사용할 블로그 아이디를 적으세요.(/ 제외한 아이디만)
    $accessInfo['input'] = $default_blogid .'/'. $accessInfo['input'];
    $accessInfo['fullpath'] = $accessInfo['root'] . $accessInfo['input'];
}

를 추가 합니다.

= 단일에서 다중 블로그로 변경시, 단일 블로그 때의 퍼머링크를 사용할 수 있습니다.

http://도메인/글번호 (= http://kai.ibbun.net/15) 의 주소를
http://도메인/블로그아이디/글번호 (= http://kai.ibbun.net/KAi/15)로 넘겨줍니다.

그렇다면 기존에 쓰던 블로그 퍼머링크를 못 쓰게 되는데 rewrite 를 어떻게 설정해야 될런지요?

기존에는

http://kai.ibbun.net/1

으로 썼는데.. 현재는

http://kai.ibbun.net/KAi/1

으로 쓰고 있습니다.
기존 링크 http://kai.ibbun.net/1 로 들어가면
http://kai.ibbun.net/KAi 로 보여집니다.

이걸 rewrite 설정해서 http://kai.ibbun.net/KAi/1 로 보여지게 설정하고 싶습니다.

여러번 만져봤는데 이게 안되더군요. rewrite.php 파일을 수정해야 할런지 궁금합니다.

버전이 1.6.2 이네요...;