완전히 다 삭제하고 처음부터 다시 해서 suri.php 파일까지 수정하니 댓글 펼침문제는 해결되었습니다.
하지만, 특수문자나 공백이 들어간 카테고리로의 접근시 포스트를 못 찾는 것은 여전하네요....

전 최상위 루트인 nabilove.net에 텍스트큐브를 쓰는지라 htacess파일을 지울수도 없는 노릇이고..
혹시나해서 잠시 지우고 해봤지만 마찬가지네요..흠..;;

댓글펼침은 해결 됐습니다. 감사합니다. oooz.net/onesound 는 여전히 안돼서 다시 여쭤보려다가
혹시나 싶어 public_html 이전 루트에서 delete .htaccess 하니 저의 경우는 다 정상 작동 하네요.
(한참전에도 똑같이 했었는데 왜 안됐는지... 혹시 지금 수정중이시라든가?)

전과 달리 http://oooz.net/onesound 를 여는게 아니라 뒤에 /를 붙여주는 듯 한데
일단 크게 문제될 건 없어 보이네요. 추가로 문제가 보이면 다시 리포트 하겠습니다.
고생 많으셨습니다.

이제 404에러는 안나는데 목록이 0으로 뜨네요.. -_-ㅋㅋ 이상해라... 참고: http://nabilove.net/test/category/Thinking%3F!
그리고 페이지 이동은 잘 되는데 onesound님 처럼 페이지 이동시 댓글과 트랙백이 자동으로 펼쳐지네요..

특정 포스팅으로의 퍼머링크로 접근시 댓글/트랙백이 펼쳐지는 건 전부터 그랬고 그게 맞다고 생각됩니다.
다만, 페이지 이동시 펼쳐지는 건 전 버전땐 안 그랬고 말씀하신대로 버그인 듯 싶네요.

이거 점점 일거리만 늘려드려서 죄송스럽네요..ㅠ_ㅜ

suri.php의 83,84번째줄을 다음과 같이 고치시면 됩니다.

$suri['value'] = strtok(strtok($suri['value'], '?'),'&');

이 줄을

if(strpos($suri['value'],'?') === 0) $suri['value'] = '';
else $suri['value'] = strtok(strtok($suri['value'], '?'),'&');

로 고칩니다. strtok의 토큰 방식이 php4랑 이후랑 좀 달라서 생긴 부분입니다.

헉헉 이젠 별 일 없어야 할텐데 T_T

동시에 글을 쓰고 있으니 정신없군요.  댓글 펼침 미설정 상태입니다.

+) 점심 챙겨드세요. T_T

기존에 동작하던 것이 특성을 타서 레퍼런스대로 동작하지 않다가 이제 레퍼런스대로 동작하는겁니다. 흑흑
1.6에서는 기존에 서버 설정값들을 가져다 이용하던 부분들을 싹 갈아치워서 (워낙 서버마다 제각각으로 값을 던져주더군요 T_T) 거의 모든 환경에서 레퍼런스 동작을 보장합니다. (...) 그 과정에서 이번 페이징 주소 문제도 발생했습니다. 접해보지 못한 경우라서...

덧) 스킨 - 출력설정에서 댓글을 펼칩니다- 가 설정되지 않은 경우인데도 펼쳐지고 있나요? 그럼 버그겠습니다. T_T 알려주세요~

아뇨, 기능이 아니라 원래 저랬습니다. oooz.net/tc (메인) 를 열었을때 댓글 펼치기 상태가 아니므로
페이징시에도 댓글 펼쳐진게 안나와야 맞는 것 같습니다.

정확하게 이야기하면  tc/entry/숫자 해서 여태 댓글이 펼쳐지던게 버그인 듯도 하네요.
이 경우는 코멘트 위치 여는 것 때문이 아닐까 싶구요.

onesound 안되는건 저도 신기하네요. 으음. --;

저 혹시 그 기능은 원래 소스를 수정해서 사용하던 부분인가요? 전 레퍼런스 소스를 만드는 입장이라 원래 개조가 어떻게 되어 있었는지 까지는 잘... T_T

그리고 onesound 의 404 에러쪽은 텍스트큐브와 상관 없는 부분 같습니다. tc로 접근하지 않으면 제어권 자체를 가지고 오지를 않거든요.
위에서 수정해서 추가한 부분이 '서버에서 자동으로 /를 안 붙여주는 경우 텍스트큐브에서 인식할 수 있도록 주소 조각을 다시 짜맞추어 사용하는 부분인데, 소스의 일부이기 때문에 말그대로 텍스트큐브에서만 동작합니다; 음 원인이 뭘까요...

위의 댓글 레이어 열리는 현상은 해결됐습니다만 원래 둘 다 안열렸던게 맞습니다.
현재는 둘 다 열리네요. 기존처럼 entry/숫자 했을때만 열리고 ?page= 시에는 둘 다 안열리게 해주세요. T_T

위의 http://oooz.net/onesound 이쪽도 아직 404 에러입니다.

위에서 수정한 두 줄 중 아랫줄을 다시

    if(strpos($accessInfo['fullpath'],$accessInfo['root']) !== 0) $accessInfo['fullpath'] = $accessInfo['root'].substr($accessInfo['fullpath'],strlen($accessInfo['root'])-1);
    $accessInfo['input'] = ltrim(substr($accessInfo['fullpath'],    strlen($accessInfo['root'])+(defined('__TEXTCUBE_NO_FANCY_URL__') ? 1 : 0)),'/'); //Workaround for compartibility with fastCGI / Other environment
이렇게 바꾸시면 됩니다.

서버에는 적용해 놓았습니다. 문제가 생기면 또 피드백 주세요~

지워보고 했음에도 동일합니다.  혹시나 해서 tc 에 있는 .htaccess 도 지워봤다가 둘다 404 떠서 일단 tc만 복구했습니다.

+) http://oooz.net/tc/?page=2 댓글 레이어가 열리고 (oooz.net/tc/entry/숫자 형식으로 넣었을때 처럼)
     http://oooz.net/tc?page=2 댓글이 레이어가 안열리고

하는 현상도 있네요. (계정접속은 알려드린 계정 비번에서 s 대신 d를 넣으시면 됩니다.)

/ 에 임시로 만들어두었던 .htaccess를 지워보시기 바랍니다.