779번째 줄은 rewrite 사용을 시도해본 후 실패했을 때 실행되는 곳입니다. IIS에서는 설치 과정에서 rewrite 모듈 사용 여부를 체크할 수 없기 때문에 일단 시도해보고 실패하면 IIS인지 체크하게 되어 있는 것이죠.

그나저나 사용 환경과 설치 과정을 좀더 정확하게 설명해주셨으면 좋겠습니다.

29 line : index.php 를 제거해서 root  경로를 얻는데.  /.index.php는 사이즈10인데..어째서 12라인을 짜르는지 모름...
$root = substr($_SERVER['SCRIPT_FILENAME'], 0, strlen($_SERVER['SCRIPT_FILENAME']) - 12);

779 line : checkIIS iis를 체크하는 if 문인데...문제는 if 다음의 else 구문에서 (793 line ) iis 가 아니면 무조건
rewrite_module을 사용할수 없는 상황으로 체크한다는거...

아마도 기존의 업그레이드 사용자들이 많아서 이 부분은 체크가 안되었던 것이 아닌가 생각이 됩니다.
29라인은 어찌해서 고쳐서 셑업을 한다고 하더라도 if문이 복잡해서 779라인은 손대기가 ...