~1.6 업데이트후 checkup 과정에서 .htaccess 갱신이 일어나는데 이 경우 이전에 있었던 .htaccess 파일을 덮어쓰는 문제가 있는듯 싶습니다. 확인창을 띄워서 백업 여부를 확인하거나, 별도로 rename 을 해두거나 하는게 필요할듯 싶습니다. 하긴 대다수의 경우 .htaccess 를 수정하는 경우는 없으니 고려를 안하는것을 감안해도 되겠하겠습니다만은...

댓글을 보니 쓰기 권한이 없어서 checkup 에 실패하는 분들이 있던데 setup 화면처럼 안내를 해주면 좋을 것 같습니다.