그렇기에 AAA, AAA 두개에 의해 두번째 permalink가 AAA-1 로 지정되려 한다고 해도,
사용자가 의도적으로 지정한 AAA-1 에 의해 두번째 AAA의 permalink는 AAA-1 이 되지 말아야한다고 보는 것이죠.

만약 이러한 사용자의 의도를 깨버린다면,
굳이 permalink라는 이름이 무색하지 않나 봅니다.

만약 사용자가 글을 올리며 정한 permalink 순서가
1) AAA
2) AAA-1
3) AAA
와 같다면,

1) AAA => AAA
2) AAA-1 => AAA-1
까지 글을 올렸을 경우에는 permalink 가 제대로 동작을 하겠지만.

3) AAA
를 올릴경우에는

1) AAA => AAA
2) AAA-1 => AAA-1-1
3) AAA => AAA-1
와 같이되서, 사용자가 의도했던 바와도 다르게 동작할 뿐만 아니라.
실제로 permalink 라고 불리기 무색하다고 보여집니다.

그렇다면 적어도...
Permalink 를
A0: AAA
A1: AAA
A2: AAA-1
로 정한 글의 경우 (A0는 글 내용이고, AAA는 permalink입니다.)

A2의 permalink는 AAA-1 이 되어야 하는게 아닌가 생각합니다.
하지만 현재는 A2의 permalink가 AAA-1-1 이 되는군요...

즉 AAA-1 을 치면 나오는 내용은 A1 이구요.
AAA-1-1 을 치면 나오는 내용은 A2 입니다.

이 버그는 언제쯤 고쳐질지... ^^;;;

의도한대로 동작하고 있는 부분이라 버그가 아닙니다. 퍼머링크는 중복을 절대적으로 제한하고 있고 실제로도 불가능합니다. 하지만 사용자가 언제나 "예전에 있었는지" 체크할 수 없기 때문에 자동으로 검색 후 예전에 존재했던 링크라면 독립성을 보장하기 위해서 링크에 번호를 붙여줍니다. (semantic permalink를 제공하는 도구들이 거의다 이렇죠.)

초창기의 퍼머링크는 무조건 처음 정한 이후 못 바꾸게 하자! (퍼머링크니까) 로 의견이 모이고 구현되었다가 막판에 지금처럼 바뀌었습니다. 퍼머링크의 개념에 대해 이해하지 못하는 사람들에게 굳이 반발을 받을 필요가 있겠느냐 하는 이유에서였죠. 또는 바꾸려고 했었는데 까먹고 안 바꾸고 저장하거나 하는 경우에 대한 구제책도 필요했고요. 원래대로라면 처음 글 작성 이외에는 변경할 수 있는 부분이 아예 등장하지 않아야 하는것이 정상입니다만, 현실과의 타협으로 지금처럼 되었습니다.

A2의 permalink는 AAA-1 이 되어야 하는게 아닌가 생각합니다.
하지만 현재는 A2의 permalink가 AAA-1-1 이 되는군요...

즉 AAA-1 을 치면 나오는 내용은 A1 이구요.
AAA-1-1 을 치면 나오는 내용은 A2 입니다.

이 버그는 언제쯤 고쳐질지... ^^;;;

지금도 글 작성시 permalink란을 비워두면 title과 같게 입력됩니다만... (공백은 '-'로 바뀝니다)

확인해 보세요

알고 있습니다.
그렇기에 혼동을 하였던 것이죠.
처음에 title을 aaa 라 주고 permalink를 비웠을 경우 permalink가 aaa 로 됩니다.
나중에 title를 bbb로 바꾸었을 때 역시 permalink가 bbb로 자동으로 바뀌는 룰을 제공해 주면 어떨까 하는 것이었습니다.

그렇게 하면 카테고리와 무엇이 다른지요?

permalink는 말 그대로 permanent한 link일 뿐이지 하위 구조를 가질 필요성은 없어 보입니다.

지금도 카테고리 링크로 접속하면 원하는 기능을 사용할 수 있습니다. (리스트를 보여주는 기능)

분류가 필요하다면 그렇게 사용하는게 맞지 않을까요?

네.
카테고리와 비슷할 수 있습니다.
다만 다른점이 있다면, 카테고리로 지정하기 위해서는 매번 카테고리등록을 해야 한다는 것이구요.
이것은, 카테고리의 지정이 필요없이 사용할 수 있다는 것이죠.

또한 만약 글들이
AAA
AAA
AAA-1
와 같이 있을경우. 이들의 이름을 정하는 룰이 비정형적일 수 있습니다.
AAA -> AAA
AAA -> AAA-1
AAA-1 -> AAA-1-1 (??????)
물론 내부적으로 지정된 룰이 있을 수 있습니다만, 그건 임시적이다고 볼 수 밖에 없을 것입니다.

또한 사용자가 Permalink 로 AAA 를 지정하였을 경우에.
이것이 전자의 AAA 인지, 후자의 AAA인지..
아니면, AAA-1 을 지정하였을 경우에, 이것이 후자의 AAA 인지 AAA-1 인지 구분할 수 있는 명확한 기준이 없습니다.
어쩌면, AAA-1 을 permalink로 지정하였을 경우에 AAA-1 이 나오길 원하지 두번째 AAA가 나오길 원하는 것은 아닐것입니다.

그렇기에 Permalink가 중복정의되었을 경우 이를 모두 표현하는것이
사용자가 원하는 결과에 좀 더 정확한 답을 줄 수 있는 것이며.
각각 세부적인 결과를 디렉토리 형태로 명확히 구분할 경우에 역시,
사용자가 원하는 결과를 좀 더 정확히 답해 줄 수 있는 것이다고 보여집니다.

PS:
방법적으로 수정합니다.
AAA 첫번째 -> 제 방식대로를... AAA/1
AAA 두번째 -> 제 방식대로를... AAA/2
로 하는것이 낫다고 보여지는군요.

실제로
A0 의 Permalink 는 "A" 로되어있고,
A1 의 Permalink 는 "A-1" 로되어있군요...

차라리 주소창에
http://tatterblog/entry/A
를 할 경우...
categories 에서 처럼...
두가지 모두를 리스트와 함께 나타내주는게 낫지 않을까 합니다.

http://tatterblog/entry/A/0
http://tatterblog/entry/A/1
를 할 경우에 각각 A0와 A1을 나타내도록 하구요.

초기에는 title를 permalink로 정해집니다만,
글의 title를 바꾸게되면 permalink와 동기가 깨져서 혼동이 옵니다.

아예 옵션으로 Permalink를 Title과 동일하게 사용할지를 테더옵션과 각 posting옵션으로 두는게 어떨까요?
테더옵션에 permalink를 Title과 동일하게할지/다르게할지 를 결정하고,
각 posting옵션에서는 테더옵션의 것을 사용할지/동일하게할지/다르게할지,

만약 퍼포먼스의 문제라면,
테더옵션에서 permalink=title 를 true로 하면, 글 생성시에 permalink=title 를 디폴트로 true로 설정하도록,
테더옵션에서 permalink=title 를 false로 하면, 글 생성시에 permalink=title 를 디폴트로 false로 설정하도록,
하는것도...