카운팅 부분을 p나 div로 감싸서 선택자를 부여해주는 게 좋을 듯 하네요.
위 경우에는 트랙백과 코멘트가 서로 다른 선택자를 사용하고 있으니

<a href="#rp" onclick="[##_article_rep_rp_link_##]" class="commentM"><s_rp_count>덧글 [##_article_rep_rp_cnt_##]개</s_rp_count></a>
 | 
<a href="#tb" onclick="[##_article_rep_tb_link_##]" class="trackbackM"><s_tb_count>엮인글 [##_article_rep_tb_cnt_##]개</s_tb_count></a>

이렇게 쓰는게 코드도 줄이고 의미에도 맞다고 생각합니다.

였습니다.
지금은 수정하여 다르게 사용하는데 정상 동작합니다.
index.xml
        <commentMessage>
            <none>덧글 쓰기</none>
            <single>덧글 1개</single>
        </commentMessage>
        <trackbackMessage>
            <none>엮인글 쓰기</none>
            <single>엮인글 1개</single>
        </trackbackMessage>
skin.html
                                            <a href="#rp" onclick="[##_article_rep_rp_link_##]"><span class=commentM><s_rp_count> 덧글 [##_article_rep_rp_cnt_##]개</s_rp_count></span></a> | <a href="#tb" onclick="[##_article_rep_tb_link_##]"><span class=trackbackM><s_tb_count> <strong>엮인글 [##_article_rep_tb_cnt_##]개</s_tb_count></span></a>

style.css
    .commentM {
        font-weight:bold;
        color:#FF0000;
        text-decoration:underline;
    }
    .trackbackM {
        font-weight:bold;
    }

이렇게 수정하였습니다.

사용할수 있는 태그가 따로 있나요?

특별히 태그사용에 제약이 있는 것은 아니고요(제약할 이유가 없죠). 적으신 소스도 문제는 없어보이는데... 스킨의 해당 부분 소스를 남겨주시면 제가 내일 살펴보도록 하겠습니다. 일단은 skin.html의 용법을 다시 확인해 주세요.

제가 사용한 것입니다.
        <commentMessage>
            <none><strong><font color="#FF0000"><u>덧글 쓰기</strong></font></u></none>
            <single><strong><font color="#FF0000"><u>덧글 <span class="cnt">1</span>개</strong></font></u></single>
        </commentMessage>
        <trackbackMessage>
            <none><strong>엮인글 쓰기</strong></none>
            <single><strong>엮인글 <span class="cnt">1</span>개</strong></single>
        </trackbackMessage>

이경우 첫 덧글을 달때 null에러를 냅니다.
새로고침을 하면 덧글은 달려 있고요?
무엇이 문제 일까요?